Vadehavets forskellige landskaber levested for flere truede og sjældne dyrearter, og derfor nyder både landskab og dyr en særlig beskyttelse, idet de er udpeget som habitatområder inden for EU Habitatdirektivet. Med et samlet areal på omkring 1.360 km2 dækker disse habitatområder det meste af det danske Vadehav, enkelte marskområder og åerne. Vadehavsområdet er opdelt i flere Habitatområder, som er beskyttet fordi de indeholder naturtyper som vadeflader, strandenge, vandløb, våd og tør hede samt forskellige klittyper og søer. Samtidig lever en række vigtige dyrearter som snæbel, laks, odder, marsvin og sæler i Vadehavsområdet. Nogle af Vadehavets fugle er desuden beskyttet af Fuglebeskyttelsesdirektivet. Habitatområdernes udpegningsgrundlag kan justeres hvert 6. år, når der laves nye Natura 2000 handleplaner for områderne.
EU Habitatdirektivet
EU habitatdirektivet fra 1992 (Rådets direktiv 92/43/EØF) har til formål at fremme biodiversiteten i medlemsstaterne ved at definere en fælles ramme for beskyttelsen af arter og naturtyper, der er af betydning for EU. Dette sker hovedsagligt gennem udpegning af særlige bevaringsområder, nemlig habitatområderne. I habitatområderne skal en gunstig bevaringsstatus sikres og bevares for de arter eller naturtyper, som området er udpeget for. Direktivet omfatter dog også en lang række andre tiltag blandt andet om invasive arter. Direktivets artikel 22b fastslår således, at medlemsstaterne skal sikre, at bevidst introduktion af ikke-hjemmehørende arter til den vilde natur reguleres, så de hjemmehørende planter og dyr samt deres levesteder ikke bliver skadet. Over 1.000 plante- og dyrearter og over 200 naturtyper er beskyttet af direktivet. Nogle arter og landskabstyper er så truede eller sjældne, at de medlemslande, der indeholder dem, har et særligt ansvar for at beskytte dem. I Vadehavet er det for eksempel snæbel og klithede.
Praktisk betydning
Habitatdirektivet pålægger medlemsstaterne, at de skal beskytte deres natur. I et bilag til direktivet er der beskrevet en liste over dyrearter, som ikke må fanges, dræbes, forstyrres eller få ødelagt deres levesteder. Det samme gælder flere plantearter, som ikke må plukkes, graves op eller på anden måde ødelægges. I daglig tale kaldes de for "Bilag IV arter. I Danmark er direktivet skrevet ind i Miljømålsloven, Naturbeskyttelsesloven, Skovloven og Jagtloven.