Natura 2000-området "N89 Vadehavet" består af selve Vadehavet, den inddigede marsk fra Tjæreborg til grænsen samt dele af å-systemerne. Vadehavet er både Habitatområde, Fuglebeskyttelsesområde og Ramsarområde, men de tre afgrænsninger er forskellige.
Tre former for beskyttelse
Natura 2000 er EU's politiske grundsten i forhold til natur og biodiversitet, og det består af et netværk af beskyttede naturområder. Formålet er at sikre Europas mest værdifulde og truede planter og dyr samt naturtyper. Netværket opstod i 1992, da Habitatdirektivet blev vedtaget af EU's regeringer. Der findes ikke en egentlig lov om Natura-2000, men områderne beskyttes af forskellige natur- og miljølove, som skal forhindre, at de beskyttede arter og naturtyper lider skade. Natura 2000-netværket kan derfor opfattes som det instrument, der sikrer de internationale konventioner og direktiver på et fælles europæisk grundlag. I Danmark er Natura 2000 områder opdelt i Fuglebeskyttelsesområder, Habitatområder og Ramsarområder. Ofte overlapper disse tre type områder dog hinanden, hvorfor et Natura 2000 område består af det samlede areal af de tre udpegninger.
Praktisk betydning
Der bliver udarbejdet en delplan for hvert Natura 2000-område. En sådan beskriver habitatområdet, naturens tilstand, hvilke trusler der er mod naturen samt et indsatsprogram for, hvordan området kan udvikle sig i en gunstig retning. I Vadehavet er der i alt ti Natura 2000-delplaner. Otte for Fuglebeskyttelsesområderne og to for Habitatområderne.